Miharu Rokujo è uno studente delle medie nel cui corpo è racchiusa la misteriosa “Arte Segreta”, la Shinrabansho, la somma di tutte le tecniche create dai ninja nel corso della storia. L’anime è ambientato ai giorni nostri, in un’epoca in cui i ninja si sono ritirati in un mondo segreto conosciuto come “Mondo di Nabari”, mantenendo una seconda identità nella nostra realtà. Uno dei villaggi più potenti di Nabari è quello di Iga, guidato dal clan Kairoshu, che mira al potere assoluto dello Shinrabansho, con cui dominare l’intero Universo. I suoi appartenenti puntano a rapire Miharu per estirparne l’Arte Segreta, ma il ragazzo è protetto, a costo della loro vità, da alcuni ninja del villaggio di Banten, alleato dei Fuma nella guerra per il possesso dei sacri rotoli ninja, al fine di ottenere la conoscenza necessaria a manipolare lo Shinrabansho: Iga per impadronirsene, Fuma e Banten per sigillare per sempre il potere.