Dodicimila anni fa ebbe luogo la feroce guerra contro gli Angeli delle Tenebre, vinta grazie all'amore di due giovani e all'angelo meccanico Aquarion. Ma oggi quella è poco più che una leggenda. Le persone vivono nel terrore di essere attaccate dagli Abductor, malvagi esseri provenienti da un'altra dimensione. Per contrastarli, l'organizzazione Deava si avvale di giovani Element e delle macchine da combattimento Aquaria. Ma ragazzi e ragazze devono stare separati, sia fisicamente che a bordo delle Vector Machine. Questo unicamente per evitare fusioni tra sessi opposti, considerate impure. Tuttavia, l'incontro fatale tra il solitario Amata e una ragazza di nome Mikono cambia tutto. La fusione proibita sta per attivarsi!