Seconda stagione di Medaka Box, incentrata sull'ambizioso Progetto Flask, un esperimento voluto dal Preside dell'Istituto Hakoniwa con lo scopo di creare dei geni. Unzen faceva parte di questo progetto, ma la sconfitta subita da Medaka ne ha causato l'esclusione, rendendo vacante il suo posto. La principale candidata a occupare quel posto è proprio la stessa Medaka, e ciò la porterà inevitabilmente a scontrarsi con altri Abnormal che ambiscono a essere inseriti nel progetto.