Rispetto al manga originale di Shirow ed ai due film diretti da Mamoru Oshii, (Ghost in the Shell e L'attacco dei Cyborg) la serie è ambientata in un universo alternativo, caratterizzato tuttavia dalla presenza dello stesso cast di protagonisti. Nel 2030 una divisione speciale della polizia giapponese, la sezione nove, affronta casi legati alle tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che hanno conosciuto uno sviluppo e una convergenza senza precedenti nella prima metà del XXI secolo.