Seguito di D.Gray-man. Sullo sfondo di un'immaginaria Europa ottocentesca, Allen Walker è un giovane esorcista che sta per prendere parte a un grande disegno: la lotta contro il Conte del Millennio, un entità malvagia che mira alla distruzione del genere umano. Ma per farlo deve prima recarsi al quartier generale dell'Ordine Oscuro, e venire riconosciuto ufficialmente come esorcista. Non sa che dietro quelle sinistre mura si nascondono segreti dei quali il suo Maestro non gli ha parlato...