La storia è ambientata nel 1937 alla vigilia della seconda guerra mondiale quando il tenente colonnello Yuuki dell'esercito imperiale giapponese è incaricato di formare "L'agenzia D" unità di intelligence e controspionaggio. Con la supervisione del tenente Sakuma, dispiega la sua rete di agenti contro nemici interni ed esterni ma senza curarsi delle regole cardine dell'esercito: "Non uccidete, non siate uccisi, non fatevi catturare".