Mushishi è costituito da episodi auto-conclusivi in cui di volta in volta il protagonista, il misterioso Ginko, entra in contatto con un diverso caso che coinvolge i Mushi, strane creature che racchiudono in sé la vita. Non proprio insetti o animali, ma comunque esseri viventi. Né buoni né cattivi. La convivenza di questi con l’uomo porta sovente a problematiche che soltanto un Mushishi (cacciatore di Mushi) è in grado di risolvere. Per via di questa struttura esistono molti personaggi differenti e solo pochi vengono ripresentati nel corso di storie successive. L’unico personaggio cardine è Ginko che porta sulle spalle il peso di una amnesia che nasconde la sua fanciullezza e che vaga per il Giappone in cerca di nuovi casi, senza essere in grado di fermarsi a lungo in un posto per via della sua natura di attirare i Mushi a sé.