Siamo nell'Italia degli anni '20. Marco Pagot è un ex-pilota che, sopravvissuto alla Grande Guerra, si è misteriosamente trovato con le sembianze di un maiale. Ora si guadagna da vivere dando la caccia ai pirati che spadroneggiano sui cieli dell'Adriatico ed è diventato famoso con il nome di battaglia di Porco Rosso. Ma i pirati del cielo, stanchi delle sue intrusioni, hanno ingaggiato il pilota americano Curtis, il quale che vuole farsi un nome abbattendo il suo temuto idrovolante rosso. A causa di una serie di circostanze fortunate Curtis riesce nel suo intento, abbattendo Marco e costringendolo ad un atterraggio di fortuna. Per riparare il suo povero idrovolante, Marco lo porta a Milano, presso la ditta del suo amico Piccolo, dove fa la conoscenza della giovane Fio che, nonostante i suoi diciassette anni, è un genio nella progettazione degli aerei e si propone per riprogettare i suo idrovolante. Ma in questa città Porco Rosso non ha vita facile. Per troppo tempo ha manifestato apertamente la sua contrarietà al regime fascista ed ora è diventato un ricercato. Costretto ad una rocambolesca fuga, durante la quale si deve portare dietro anche Fio, fa ritorno sull'Adriatico dove dovrà vedersela con Curtis e con i pirati dell'aria che lo stanno aspettando per regolare i conti in sospeso.