2032. Sono passati tre anni dal caso del “Signore dei Pupazzi” su cui era incentrato il primo film, quando un gruppo di ginoidi (androidi femminili), costruite per soddisfare sessualmente i propri padroni, inizia a ribellarsi, uccidendo i loro proprietari per poi autodistruggersi. Incaricati dal caposezione Aramaki di occuparsi dell’indagine, Batou e Togusa iniziano a muoversi dentro il rompicapo labirintico della trama di Innocence, tra illusione e realtà che si fondono tra loro.