Episodio 25: Air / Love is Destructive Con la sconfitta di tutti gli Angeli e il definitivo smascheramento dell'alto tradimento di Gendō Ikari, la Seele invia le Forze di autodifesa giapponesi ad attaccare e prendere possesso della base dell'agenzia speciale Nerv. Le truppe delle Forze di autodifesa entrano nel quartier generale e uccidono la maggior parte dei dipendenti, dando la massima priorità alla cattura degli Evangelion e all'uccisione dei loro piloti. Episodio 26: A te, il mio animo sincero / I need you. Gendō Ikari tenta di fondersi con Rei Ayanami per dare inizio al Perfezionamento. Rei tradisce le sue aspettative, e si fonde con il secondo Angelo Lilith. Le due entità formano un essere luminescente in rapida crescita, con la pelle di Lilith e le sembianze di Rei. La Serie degli Eva crocifigge l'Unità 01 e dà avvio al rituale per dare avvio al Progetto per il Perfezionamento.