Kimihiro Watanuki è un semplice studente, bravo nelle faccende domestiche ma anche molto irascibile. E' innamorato della sua compagna di classe Himawari Kunogi e conduce un esistenza quasi normale. Ha ereditato un potere occulto con il quale non riesce a convivere perchè gli consente d'attirare su di se e di vedere misteriose creature e spettri. Un giorno giunge d'innanzi la dimora della strega dimensionale Yuko Ichihara che gli rivela alcune importanti informazioni sul suo conto e che il suo arrivo era inevitabile perchè alcuni eventi devono accadere necessariamente. Gli esseri umani nonostante compiano delle scelte seguono un determinato percorso come se fosse un filo ininterrotto. Yuko potrà esaudire il suo desiderio, ovvero quello di non attirare su di se gli spettri ma, in cambio, dovrà ricevere qualcosa che abbia il medesimo valore.