La storia di Lord of Vermilion: Guren no Oh è ambientata nell'anno 2030, quando una strana nebbia rossa accompagnata da una risonanza ad alta frequenza rendono incosciente l'intera popolazione di Tokyo. Sospettando un virus sconosciuto, la sede del governo Giapponese viene trasferita ad Osaka e mette in quarantena la città ma, dopo sei giorni, gli abitanti di Tokyo si risvegliano, apparentemente illesi. Presto la vita nella capitale riprende nella normalità , ma i giovani iniziano a sviluppare poteri sovrannaturali derivanti dal loro stesso sangue.