Lawrence III è quello che si definirebbe un ricco ed accanito collezionista, ora vuole completare la sua lista di pokémon e per farla gli servono i tre leggendari uccelli elementali: Zapdos, Moltres, Articuno ed il potente guardiano Lugia. Tutto ciò causa lo squilibrio ecologico predetto da un'antica leggenda, e toccherà ad: Ash, Misty e Tracy insieme alla loro nuova amica Melody scoprire e fermare il disastro imminente.