In un laboratorio per esperimenti genetici è in corso il progetto Mewtwo, ovvero il tentativo di clonare da pochi frammenti di DNA, una versione migliorata di un pokémon antico ritenuto ormai estinto. L'esperimento ha successo e Mewtwo, in quanto creato sulla base di un pokémon di tipo psyco è dotato di enormi poteri psichici, superiori a quelli di qualsiasi umano o pokèmon del pianeta. L'inteliggente creatura si pone imprevedibilmente domande sul perché della propria esistenza, ma non riesce a darsi una risposta. Frustrato da quell'incertezza, l'unica cosa che gli è chiara e che merita ben di più di essere una cavia per quegli scienziati e convinto della natura corrotta degli esseri umani e della debolezza dei pokémon che li seguono, metterà in atto un piano di conquista che gli farà incrociare la sua strada con quelle di Ash, Pikachu, Brock e Misty.