Kaito è una matricola della prestigiosa Root Academy ed è appassionato di enigmi. Grazie alla sua passione ed alla sua capacità di ragionamento, viene scelto come uno dei candidati per il "Phi Brain". Ma un giorno, insieme alla sua amica d'infanzia Nonoha, Kaito si imbatte nell'Irrisolvibile Enigma situato nei sotterranei della scuola. Questi non è altro che "l'Enigma del Filofofo" una minaccia creata da un'organizzazione definita POG. Risolvendo l'enigma, Kaito viene soprannominato "Solver": assieme agli altri solver, dovrà quindi combattere l'organizzazione.