Riprendiamo le fila delle quotidiane vicende soprannaturali di Natsume e Nyanko-sensei, i quali si trovano subito impelagati con una ayakashi che rivuole la sua preziosa bambola; pare che questa le sia stata rubata anni addietro da Natsume Reiko. Nel frattempo il nostro giovane protagonista cerca di scoprire qualcosa di più sulla sua nonna materna, ma non riesce a cavare molto dai parenti dal lato paterno, sembra essere più d'aiuto uno spirito nei boschi. Il ragazzo si apre e confida col suo amico Tanuma.