La storia ha per protagonisti Yū, uno studente delle superiori, e i suoi migliori amici Haru e Kotona. In seguito a un incidente essi potranno viaggiare avanti e indietro tra la nostra realtà e quella di Ni no Kuni. Quando la vita di Kotona sarà messa in serio pericolo, i tre però dovranno fare "la scelta definitiva".