Sono passati molti anni dall'avventura a cui Naota e Haruko Haruhara hanno partecipato insieme. Nel frattempo, infuria per tutta la galassia la guerra tra le due entità conosciute come Medical Mechanica e Fraternity. La giovane Hidomi pensa non ci sia nulla di speciale da aspettarsi dalla sua normalissima vita, almeno finché nella sua scuola non arriva una nuova insegnante chiamata Haruko. Ben presto, la Medical Mechanica attacca la sua città e Hidomi scopre dentro di lei un segreto che potrebbe salvare tutti, un segreto che solo Haruko può riuscire a sbloccare... Ma per quale motivo Haruko è tornata sulla Terra? Che ne è stato del suo Rickenbacker 4001 che ha lasciato con Naota? E dov'è finito il robot-umanoide Canti?