Lo studente liceale Ibuki Keita è da sempre perseguitato dalla sfortuna: tutte le persone che gli girano intorno, infatti, finiscono per morire in modo tragico. Per questo motivo Keita preferisce non avvicinarsi troppo alle persone, compresa Akane, una sua amica d'infanzia; ma così facendo finisce per condurre una vita solitaria e piena di tristezza. Una sera, mentre mangia il ramen nel suo ristorante preferito, Keita incontra una misteriosa ragazza di nome Kiro, che gli racconta una strana storia: gli parla dell'esistenza di un fantomatico "sistema doppeliner" secondo il quale ogni persona è presente sulla Terra in tre copie identiche, di cui una ha caratteri dominanti (root), mentre le altre due (sub) sono sempre più deboli e destinate inevitabilmente a soccombere nel caso di un malaugurato incontro. Keita inizialmente non crede a questa storia ma, quando verrà coinvolto nel fuoco incrociato di questo mondo nascosto, sarà costretto a ricredersi ed a stipulare un patto con Kira.