Cross Game narra la storia di Kitamura Ko, normale ragazzo di quinta elementare figlio del gestore di un negozio di articoli sportivi, e delle quattro sorelle Tsukishima sue vicine di casa: c'è la piccola Momiji, la sorella maggiore Ichijo, figura quasi materna sostituta della madre defunta, il maschiaccio Aoba con cui Ko litiga sempre e Wakaba, fidanzata di Ko col quale condivide persino la data di nascita. La storia si sposta presto al liceo, in cui Ko è un (abile) giocatore di baseball giovanile.