La storia di Kodomo no jikan ruota intorno ad un maestro di nome Aoki Daisuke di ventitré anni appena assunto alla scuola elementare Futatsubashi. Daisuke è l'insegnante della classe 3ª sezione 1, ed una dei suoi alunni, una pericolosa ragazzina di nome Rin Kokonoe, prende una cotta per lui tanto da dichiararsi la sua fidanzata. Così Rin fa di tutto per restare insieme al suo “sensei” nonostante il fatto che lui potrebbe perdere il lavoro.