Ash e i suoi amici giungono in una città ad altissima tecnologia, dove incontrano un ragazzo che, a causa di un trauma giovanile, ha paura di tutti i Pokémon. E fa bene ad averne, perché all'improvviso, un Deoxys prende controllo di tutta la tecnologia del centro abitato, tenendone ostaggio gli abitanti, e la situazione peggiora quando un Rayquaza furioso giunge a cacciare l'invasore dal suo territorio, scatenando una battaglia terribile.