Cinque Genesect sono apparsi in una città piena di vita e ne minacciano la centrale elettrica. Intanto, il Pokémon leggendario Mewtwo inizia a interessarsi alle loro azioni. Ma quale sarà il motivo? Quando il capo dei Genesect, il potentissimo Genesect rosso, decide di opporsi a Mewtwo, spetta a Ash, Pikachu e ai loro amici cercare di fermarli!