Il film narra le avventure di Pazu e Sheeta alla ricerca della fortezza volante di Laputa, un'isola incantata contenente un'arma segreta potentissima già nelle mire del malvagio colonnello Muska e del suo esercito. Nella ricerca i due giovani saranno affiancati da una ciurma di strampalati pirati dell'aria guidati da Mama Dola, una terribile nonnetta che punta a impadronirsi dei leggendari tesori nascosti in Laputa.