Taiki Kudo, Akari Hinomoto e Zenjiro Tsurugi sono tre ragazzi che, un giorno, vengono improvvisamente trasportati a Digiworld. Qui fanno la conoscenza di un gruppo di amici Digimon, capitanati da Shoutmon: essi attraversano un periodo assai difficile, perché Bagramon e il suo esercito stanno facendo danni in lungo e in largo. Taiki mette in funzione il suo Xros Loader, un Digivice leggendario, e digifonde Shoutmon e il suo amico Ballistamon: è l'inizio di un'avventura per cercare di liberare Digiworld dai malvagi, e di rendere Shoutmon il Re dei Digimon.