La serie si svolge sette anni dopo gli eventi di Beyblade Metal Fury e ha come protagonista Zyro Kurogane, un Blader che, forte della sua passione per il Beyblade e del suo Bey Samurai Ifrit, donatogli da Gingka Hagane in persona, parte per un viaggio che lo porterà a conoscere nuovi Blader. Dovrà però fare i conti con l'organizzazione DNA, che vuole assumere il controllo di tutto il mondo del Beyblade, ma lo stesso Zyro, con l'aiuto degli amici di Gingka, riesce a distruggere la crudele DNA e sconfiggere anche Doji, dopo aver liberato Gingka il campione, protagonista di Beyblade Metal Fusion, Beyblade Metal Masters e Beyblade Metal Fury. In questa serie gli scontri si svolgono in stadi, particolari, detti “Stadi del ciclone”, caratterizzati dal campo di gioco che si muove a seconda dei movimenti dei Beyblade; inoltre, in questi stadi l'unica possibilità di far uscire il Bey avversario dal campo di gioco, dal momento che è circondato da delle barriere, è quella di spingerlo attraverso una fessura vicino al bordo del campo di gioco. L'altra opzione per vincere è aspettare che il Beyblade dell'avversario si fermi.