La serie è ambientata 2 anni dopo gli avvenimenti di Mobile Suit Gundam SEED. Il leader di Orb, Cagalli Yula Athha, si riunisce con il presidente della PLANT, Gilbert Durandal, per discutere della costruzione delle nuove Mobile Suit per la ZAFT. Tre di queste sono state rubate da un gruppo chiamato Phantom Pain, controllato dall'organizzazione terroristica Blue Cosmos. La guardia del corpo di Zala si unisce al pilota della ZAFT, Shinn Asuka, per fermarli.