La storia, così come nelle due stagioni di Da Capo versione uno, è ambientata ancora una volta ad Hatsunejima, ma sono trascorsi cinquantatré anni dagli eventi raccontati dalla serie originaria. Il nuovo protagonista, Yoshiyuki Sakurai, è un comune studente delle scuole medie. Dopo aver ricevuto una dichiarazione, il ragazzo decide di accettare i sentimenti della sua amica di infanzia Koko ed inizialmente il rapporto tra i due sembra andare alla grande; quest'idillio però finirà per rompersi quando Yoshiyuki attiva Amakase, un robot capace di provare emozioni. Yoshiyuki, infatti si sentirà in dovere di badare a lei e ciò finirà per creare incomprensioni con la sua ragazza.