Nell’isola chiamata Lost Ground, un inspiegabile fenomeno porta alla nascita di una nuova specie di umani, dotati di speciali poteri chiamati Alter. I possessori di Alter sono in grado di manipolare la materia e di darle una forma specifica a seconda del soggetto. Al centro del Lost Ground è stata innalzata una città tecnologicamente avanzata, ma all’esterno delle sue mura c’è un territorio desolato abitato da gente povera e da delinquenti. Per vigilare sulle azioni degli indigeni ed impedire che essi arrechino disagi ai cittadini è stata fondata un’organizzazione, la HOLD, ed un’unità speciale composta da possessori di Alter, la HOLY. Kazuma vive nella zona malfamata, è un possessore di Alter in grado di trasformare il suo braccio destro in una potente arma e tira avanti grazie ad incarichi da mercenario. Quando Kazuma si trova per la prima volta ad affrontare la HOLY ed incontra il suo futuro ed acerrimo rivale Ryuhou, inizia la vera battaglia!