Per quanto riguarda la cronologia della serie, Yozakura Quartet ~Tsuki ni Naku~ si colloca subito dopo la fine di Hana no Uta. Akina, Hime e gli altri giovani partono per una vacanza alle terme di Hakone dove troveranno nuovi youkai ad aspettarli, nel mentre arriva a Sakura-shinmachi, rimasta indifesa, un nuovo cacciatore di youkai. Riusciranno gli adulti rimasti a proteggere gli abitanti della città?