Nel ventunesimo secolo, gli alieni sono arrivati ​​sulla Terra e vivono tra gli umani. La squattrinata studentessa Mayuko Chigasaki si ritrova a vivere insieme a NieA, una extraterrestre appartenente alla classe discriminata degli "Under Seven", in una stanza al piano superiore del bagno pubblico Enohana, un tempo gestito dai genitori di Mayuko. Mentre quest'ultima s'impegna diligentemente per sbarcare il lunario, la spensierata e testarda NieA sembra essere totalmente indifferente alle conseguenze delle proprie azioni. Messe da parte le scintille iniziali, la strana coppia riuscirà man mano ad affiatarsi e a comprendersi, mentre la gigantesca sagoma di un'astronave naufragata si staglia all'orizzonte,