Neo Saitama è una metropoli cyberpunk dove Kenji Fujikido conduce la sua vita di padre di famiglia e impiegato. Un giorno la moglie e il figlio sono uccisi in uno scontro tra ninja. Dopo aver visto la morte in faccia, Fujikido viene posseduto dall'anima di un enigmatico ninja conosciuto come Naraku Ninja. L’uomo che è riuscito ad ingannare la morte diventerà il Ninja Slayer, una sorta di tristo mietitore destinato ad uccidere tutti i ninja malvagi. La convivenza di queste due anime sanguinarie in Kenji non di certo sarà facile.