Tre anni dopo gli eventi del primo film, Izumi e Shinohara stanno testando dei nuovi Labor in un edificio gestito dalla polizia metropolitana. Proprio in questo periodo, però, iniziano a verificarsi dei misteriosi attacchi in città che verranno poi attribuiti a Yukihito Tsuge, un ex-militare che ha deciso di vendicarsi per essere stato abbandonato nel campo di battaglia durante una missione ONU. L'unico modo per porre termine alle azioni del terrorista è quello di riunire i vecchi membri della Sezione 2.