La storia riprende esattamente dove si era interrotta al termine della stagione uno. Inizialmente l'anime decide di approfondire meglio la conoscenza di alcuni personaggi attraverso il racconto delle loro vicende quotidiane; successivamente, però, il racconto si sposterà su una serie di inspiegabili accadimenti che si verificheranno ad Hatsunejima e sui quali i protagonisti dovranno indagare per comprenderne l'origine.