L'opera è ambientata nel 2036 in una Tokyo isolata dal resto del mondo a causa di un incidente nucleare avvenuto venti anni prima, che ha contaminato la metropoli con un alto livello di radiazioni. Improvvisamente, però, da quella che è ritenuta una città morta giunge un segnale d'aiuto; le Forze di Autodifesa decidono quindi di mandare sul luogo tre ragazze che, immuni sin dalla nascita alle radiazioni grazie all'ingegneria genetica, formano l'unità speciale Coppelion, il cui compito sarà quello di cercare dei sopravvissuti alla tragedia avvenuta 20 anni prima.