Negli anni 80 l'umanità viene attaccata dagli alieni e per contrastarli viene fondata l'organizzazione Vesper. Il prodotto più potente di Vesper è l'androide V1046-R Mahoro, costruito utilizzando le tecnologie aliene, che si rivela la chiave di volta nella vittoria contro gli alieni. Il prolungato utilizzo di armi ad energia ha però ridotto la vita residua di Mahoro a 40 giorni, che possono essere portati a 400 con la rimozione delle armi installate nel suo corpo. Mahoro viene lasciata libera di vivere come vuole i suoi ultimi giorni, e decide di mettersi a servizio della famiglia Misato come cameriera. L'unico componente della famiglia Misato è Suguru, un ragazzino che frequenta le scuole medie ed è rimasto orfano e piuttosto introverso, anche se di animo gentile...