La nave Yamato salpa da Iskandar, solcando i mari spaziali e lasciandosi alle spalle la Nube di Magellano. Il ritorno sulla Terra è ostacolato da un attacco di Gatlantis, guidato dal leggendario comandante Gutaba. Scopo dei nemici è conquistare la celebre corazzata Yamato, capace di vincere perfino le avanzate tecnologie militari dei Garmillassiani. Durante la fuga, Susumu Kodai e compagni scoprono un misterioso pianeta. L'esplorazione di questo, porterà a rivelazioni sconvolgenti.