Le due protagoniste della serie sono Mirai Asahina, in "arte" Cure Miracle, e Riko, alias Cure Magical, due ragazzine di tredici anni, la prima molto allegra e curiosa verso ogni cosa, la seconda più posata ma brava negli studi e che vuole diventare una grande maga nonostante non sembri molto portata nella magia. Le due finiranno per frequentare insieme la scuola di magia oltre che a fare squadra insieme come Pretty Cure contro i maghi oscuri del Dokurokushi, aiutate dal folletto Mofurun.