È l'anno 2059. L'umanità ha ormai definitivamente entrata nell'era della colonizzazione dello spazio e molte flotte di coloni spaziali sono da tempo in viaggio in ogni zona della galassia alla ricerca di nuovi pianeti su cui stabilirsi. Una di queste flotte colonizzatrici, la Macross Frontier, è in viaggio verso le zone centrali della Galassia ma per i suoi abitanti non è l'andamento della traversata l'argomento di maggiore interesse. Sulla nave madre della flotta Frontier è infatti in arrivo una grande celebrità: Sheryl Nome, conosciuta anche come la "Fata Galattica", la cantante più famosa e popolare di tutte le flotte Macross. Giunge il giorno del concerto ma proprio in quel momento la Flotta viene attaccata da misteriosi esseri di forma insettoide conosciuti solo come i Vajra...