Le vicende di Delta si collocano nell'anno 2067, otto anni dopo le vicende di Macross Frontier, su un pianeta ai confini della galassia sotto la minaccia di una non meglio identificata "Sindrome". Qui avviene l'incontro tra Freyja Wion, una ragazza del pianeta Windermere fuggita di casa sperando di poter unirsi al gruppo delle Walküre, un gruppo di dive (Unità tattica musicale) che cercano di contrastare la Sindrome attraverso le loro canzoni, e Hayate Immelmann, un ragazzo che viaggia di pianeta in pianeta... "Un giorno la voce si affievolirà, ma fino a quel giorno…"