Naisho no Tsubomi racconta la storia di Tachibana Tsubomi, una ragazzina di quinta elementare alle prese con vari problemi, quali la gravidanza della madre, il suo primo ciclo mestruale e le strane sensazioni che inizia a provare ogni volta che si trova in mezzo ai ragazzi. Quando incontra Daiki per la prima volta tende ad arrossire, ma solo successivamente riuscirà a dare un nome a quel sentimento.