Gli X-Men, dei mutanti, cioè persone dotate di poteri speciali sin dalla nascita e sviluppatisi nell'adolescenza, che, pur essendo guardati con timore e discriminati, cercano di mantenere la pace con gli umani normali.La storia avrà luogo un anno dopo la morte di Jean Grey e il conseguente smantellamento della squadra; a seguito, però, della misteriosa sparizione di Hisako Ichiki (Corazza), il Professor Xavier radunerà i suoi alunni da ogni angolo del globo, per rispondere all'emergenza. La squadra a questo punto si dirige in Giappone dove incrocerà un culto "supremazista" chiamato U-Man.