In Minami-ke: Okaeri è passato un anno da quando "Okawari" e le tre sorelle Minami sono cresciute. I loro gusti ed i loro modi sono quasi gli stessi; Haruka, la sorella maggiore è come una madre amorevole per le sorelle più giovani, ma è anche una seguace della disciplina; Kana, la sorellla intermedia, lascia sempre tutto all'ultimo momento e dà sempre problemi al trio; infine, Chiaki, la piccola, è la più calcolatrice e manipolatrice, vuole essere ammirata da Haruka, mentre con Kana litiga sempre. Sono una famiglia squilibrata, ma a parte tutto ciò, si vogliono bene a vicenda. La loro vita quotidiana è sempre divertente, guai e amore sono sempre presenti. Ora, però, è arrivato il momento di vedere se riusciranno a sopravvivere a questo cambiamento di età.