Agli inizi del ventunesimo secolo una forma di vita aliena precipita sulla Terra, assorbe numerosi macchinari intorno al luogo dell'impatto e poi svanisce senza lasciare tracce. Due anni dopo nei dintorni di Tokyo alcune persone iniziano a cadere vittima di un misterioso metallo extraterrestre, che agisce come un parassita e trasforma gli individui che infetta in pericolosi esseri meccanizzati chiamati Zondar. Per contrastare questa minaccia il governo giapponese decide di fondare la GGG, un'organizzazione segreta con lo scopo di fronteggiare gli esseri alieni che hanno preso di mira la Terra. Grazie all'aiuto di Mamoru Amami, un bambino alieno capace di purificare gli Zondar, e di Gai Shishiō, un cyborg capace di pilotare il gigantesco robot GaoGaiGar, la GGG inizia la sua eroica battaglia, sfidando l'impossibile pur di salvare tutti i terrestri caduti vittima della contaminazione aliena.