La storia è ambientata nella prefettura di Nagasaki, nella città di Minami Shimabara, e vede come protagonista Shiro, uno studente del terzo anno delle scuole medie. Un giorno d'estate, Shiro insieme a due amici d'infanzia, Akane e Tokiya, passeggiano tranquillamente per Minami Shimabara ripensando con nostalgia ai momenti passati insieme. L'atmosfera, tuttavia, viene interrotta dall'apparizione di una misteriosa creatura di nome Goron che si presenta improvvisamente davanti a loro. Da quest'incontro si susseguiranno una serie di eventi che sconvolgeranno la città...