Ninja Senshi Tobikage racconta la storia di un ragazzo di nome Joe Maya che vive su Marte. Un giorno incontra degli alieni provenienti dal pianeta Zaboom impegnati nel recupero della principessa del pianeta Radorio, attualmente in fuga dal loro sovrano che ambisce alla conquista dell'intero universo. Successivamente si imbatterà nella nave della principessa e da qui inizierà una serie di eventi che avranno un forte impatto sulle loro vite. Joe e i suoi amici tenteranno di sconfiggere l'imperatore pilotando tre potenti mecha, ma ciò non è abbastanza. Per aumentare le probabilità di successo della missione dovranno affidare le loro speranze in un robot di nome Tobikage.