Il giovane Yū Tagami si reca sull'Isola Australe, emersa dal mare dieci anni prima (ma senza essere segnata nelle cartine geografiche), cercando di indagare sulla morte del padre, un professore che stava studiando questa nuova terra inesplorata e che è rimasto ucciso in circostanze misteriose. Nell'effettuare le sue ricerche Yū scoprirà che nell'isola si trovano manufatti misteriosi, mostri meccanici, alieni e robot giganti. Il giovane suo malgrado si troverà in una situazione più grande di lui e dovrà combattere contro un'organizzazione criminale nota come GAIL.