Sono passati ormai otto anni da quando le prime navi occidentali hanno iniziato a visitare il Giappone del XIX secolo, determinando la diffusione di bambole meccaniche e macchine a vapore in tutto il paese. Sfortunatamente, i Fujin hanno sfruttato queste tecnologie per affermarsi sempre di più tramite l'uso in battaglia delle bambole, arrivando a distruggere anche il villaggio di un giovane meccanico di nome Hiwou. Quest'ultimo, dopo essere scappato assieme ai suoi amici tramite una bambola gigante di nome Homura, deciderà di intraprendere un lungo viaggio alla ricerca di suo padre per riportare la pace nel paese.