Anna Akechi, studentessa delle scuole medie di Makoto Mirai Town, viene catapultata dal 2027 al 1999 grazie alla comparsa della fatina Pochitan. Qui incontra Mikuru Kobayashi, aspirante detective come lei. Insieme affrontano i misteri causati dai Phantom Thieves, ladri che rubano ciò che le persone hanno di più caro, trasformandosi in Precure detective per proteggere i sorrisi della gente.