Shinichi Kudo è un liceale di sedici anni (diciassette nel corso della serie) e, nonostante la giovane età, è un abilissimo investigatore che spesso collabora con la polizia risolvendo casi molto complicati. Grande fan di Sherlock Holmes sogna di emularne le gesta e di diventare «l’Holmes del nuovo millennio». Un giorno, recatosi con l’amica d’infanzia Ran Mori a Tropical Land, un parco divertimenti, assiste in prima persona ad un sanguinoso caso di omicidio sulle montagne russe riuscendo, poco dopo, a risolverlo ed a smascherare il colpevole. Prima di tornare a casa, assiste ad uno scambio di una ingente somma di denaro tra due uomini; uno di loro è membro di una misteriosa organizzazione criminale ed è vestito completamente di nero. Preso da ciò che stava accadendo davanti ai suoi occhi, Shinichi non si accorge dell’arrivo alle sue spalle di un altro affiliato e finisce col venire scoperto e catturato; essendo un testimone scomodo, i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli una sostanza chiamata APTX4869. Il farmaco, tuttavia, ha un effetto ben diverso sul giovane: lo ringiovanisce di dieci anni.